otevřené mega časopisy

náhodou jsem se dostala k dotazu, jaké mega časopisy (nebo časopisy pokrývající více než jedno téma/obor) jsou dnes publikujícím (STM) vědcům kromě známého PLoS ONE k dispozici. a tak jsem chvilku pátrala a když už mi vznikl nějaký ten seznam, tak tady ho také máte. třeba se bude hodit.

jen bych ráda upozornila, že nejde o zcela vyčerpávající soupis. mega časopisů je více, zde jen ukázka těch asi nejznámějších, včetně IF za 2014 a výše publikačních poplatků:

• Cell Reports - IF 8.358, APC $5,000 (info) 
• Open Biology - IF 5.784, APC £1200/$2160/€1560 (info) 
• Scientific Reports - IF 5.578, APC £990/€1,165 (info) 
• G3 Genes, Genomes, Genetics - IF 3.198, APC $1950 (info) 
• BMJ Open - IF 2.271, APC £1350 (info)
• Biology Open - IF 2.416, APC $1495 (info)
• PeerJ - IF 2.112, APC $695 (info)
• Zootaxa - IF 0.906, info o APCs jsem nenašla
• SpringerPlus - IF zatím nemá, APC £695/$1085/€885 (info) 
• Heliyon - IF nemá, APC $1,250 + VAT
• SAGE Open - IF nemá, APC $395 (info) 

TOP otevřené medicínské časopisy

Seznam top otevřených časopisů vznikl pro ÚVI 1. LF UK a VFN, ale nejde o nic interního, tedy hurá s tím do světa. Časopisy jsou řazeny podle impakt faktoru pro rok 2014. Publikační poplatky jsou aktuální k srpnu 2015.

Víte o jiném časopisu, který je vysoce hodnocený ve WoS, je otevřený, oborově zaměřený na medicínu a není v tabulce? Budu ráda, když mi dáte vědět na t.simandlova@gmail.com.

#OA pro sociální a humanitní vědy s impaktem

Jedním z argumentů proti otevřenému přístupu (Open Access) bývá výtka, že vědci potřebují publikovat v impaktovaných kvalitních časopisech, aby posbírali dostatek bodů při hodnocení a že otevřené časopisy takovou prestiž nemají. Realita ale ukazuje, že otevřených časopisů, které jsou zároveň zahrnuty alespoň v jednom z citačním rejstříků (WoK, Scopus, ERIH), existuje dostatek a nejde pouze o přírodovědecké a technické obory. Své otevřené zástupce mezi kvalitními časopisy mají i humanitní a sociální vědy.

Pro přednášku o otevřeném publikování na Den vědy FF UK jsem se mj. snažila vyhledat několik zástupců kvalitních Open Access časopisů, které by pokrývaly právě humanitní obory a byly tak konkrétním tipem pro vědce-autory u nás na fakultě. A protože mi vyhledávání nakonec vzalo poměrně dost času jenom tím, než jsem přišla na účinný způsob, jak efektivněji kvalitní otevřené časopisy najít, rozhodla jsem se zveřejnit nejen seznam vyhledaných časopisů, ale také možný postup - ať už pro knihovníky či pro vědce samotné.

Jak vyhledat kvalitní OA časopis:

Chcete-li najít vhodný kvalitní otevřený časopis pro publikování, je možné zvolit tři cesty. První spočívá v tom, že můžete časopis vytipovat pomocí vyhledávání či zpřesňování dotazu přes fasety v DOAJ Search a výsledky následně, například podle ISSN, zkusit vyhledat v Journal Citation Reports (ukáže impakt faktor - IF), Scopusu (ukáže SCImago Journal Rank -SJR) a ERIHu (ukáže kategorie INT1, INT2, NAT). Druhá cesta vede opačně, což se může sice ze začátku zdát někomu o něco složitější, ale vede IMHO k rychlejšímu a většímu úspěchu. V druhém případě totiž otevřené časopisy můžete zkusit nejdříve hledat přímo v citačních rejstřících a teprve potom ověřit v DOAJ další informace. Např. zda je nutné pro otisknutí zaplatit procesní poplatek (APC) a jiné podmínky. Problém, respektive složitost, spočívá v tom, že Web of Knowledge (resp. Journal Citation Reports) neumožňuje vyhledávat časopisy podle toho, zda jsou Open Access a s výsledky obecně nelze příliš pracovat. Podobné je to u ERIHu, který také příliš vyhledávání otevřených časopisů neusnadňuje. Cesta tedy vede přes Scopus, respektive přes Scopus title list, který je pravidelně aktualizován a hlavně (!) je volně dostupný ke stažení jako Excelovská tabulka. V ní je následně možné omezit výčet časopisů pouze na Open Access (sloupec N), aktivní (sloupec F), následně podle ASJC codes (kódovník na 5 listu, omezení v sloupci AA) najít časopisy pro konkrétní obor a poté už jen vybrat ty s nejvyšším hodnocením poslední rok+SJR (pro 2012 sloupec L)... Pokud byste přeci jen chtěli dát při druhém postupu přednost vyhledávání v databázi Thomson Reuters, je možné využít rozhraní Open Access Journal Title List, které sice slibuje, že vám najde OA časopisy, které najdete ve Web of Knowledge, je ale stejně poté potřeba ověřit v JCR, zda časopis má IF... Případně můžete využít seznam impaktovaných OA časopisů, který je sice sestavený pro data za rok 2009, řada časopisů ale v JCR stále je a seznam tak může sloužit jako první odrazový můstek.

Třetí cestou pro vyhledávání kvalitních OA časopisů je vyhledávání přes portál ROAD, který umožňuje nejen filtrovat otevřené zdroje dle oborů, ale také dle pokrytí databázemi (Covered by), mezi kterými je mj. například Scopus. Po rozkliknutí záznamu zdroje (klik na název) se navíc dostanete k detailnímu záznamu, kde je dostupná informace i o indikátorech časopisu (SJR, SNIP).

Open Access časopisy pro konkrétní obory:

Protože moje přednáška na Den vědy není nijak oborově zaměřená, vybrala jsem si pouze některé větší obory a pro ně se pokusila najít kvalitní otevřené časopisy. Všechny časopisy, není-li uvedeno jinak, přijímají články v anglickém jazyce a nevyžadují platbu Article Processing Charge (APC, autorský poplatek za zpracování článku). Hodnoty jednotlivých indikátorů byly brány přímo od jejich producentů - IF z Journal Citation Reports a SJR, SNIP ze Scopusu. Dále je potřeba podotknout, že nejde o kompletní výčet hodnocených/kvalitních oborových otevřených časopisů. Existuje jich mnohem více a často i s vyšším IF, SJR. Vyšší prestiž se však často pojí s platbou APC. Z toho důvodu nejsou v následujícím výčtu zařazeny.

Archeologie 

• Chungará (Arica) - Revista de Antropología Chilena 
• IF (2012): 0.286, SJR (2012): 0.169, SNIP (2012): 0.176
• DOAJ category: Anthropology, Geography. Anthropology. Recreation, Anthropology, Social Sciences
• Mana 
• IF (2012): 0.056, SJR (2012): 0.215, SNIP (2012): 1.101
• DOAJ category: Anthropology, Geography. Anthropology. Recreation, Anthropology, Social Sciences
• Estudios Atacameños 
• SJR (2012): 0.118, SNIP (2012) : 0.431
• DOAJ category: Ethnology. Social and cultural anthropology, Anthropology, Geography. Anthropology. Recreation, Ethnology, Social Sciences, Archaeology, Auxiliary sciences of history, Archaeology, History and Archaeology
• Prilozi Instituta za Arheologiju u Zagrebu 
• SJR (2012): 0.101 , SNIP (2012): 0.108
• DOAJ category: Archaeology, Auxiliary sciences of history, Archaeology, History and Archaeology

Etnologie 

• Etnolog
• SJR (2012): 0.250, SNIP (2012): 0.969
• DOAJ category: Ethnology. Social and cultural anthropology, Anthropology, Geography. Anthropology. Recreation, Ethnology, Social Sciences
• Estudios Atacameños 
• SJR (2012): 0.118, SNIP (2012) : 0.431
• DOAJ category: Ethnology. Social and cultural anthropology, Anthropology, Geography. Anthropology. Recreation, Ethnology, Social Sciences, Archaeology, Auxiliary sciences of history, Archaeology, History and Archaeology
• Ethnographiques.org 
• ERIH INT2
• DOAJ category: Ethnology. Social and cultural anthropology, Anthropology, Geography. Anthropology. Recreation, Ethnology, Social Sciences

Filosofie a religionistika

• Journal for the Study of Religions and Ideologies 
• SJR (2012): 0.363
• DOAJ category: Religions. Mythology. Rationalism, Philosophy. Psychology. Religion, Religion, Philosophy and Religion
• Informal Logic 
• SJR (2012): 0.334
• DOAJ category: Logic, Philosophy. Psychology. Religion, Philosophy, Philosophy and Religion
• Acta Theologica 
• SJR (2012): 0.162, ERIH: INT2
• DOAJ category: Doctrinal Theology, Philosophy. Psychology. Religion, Religion, Philosophy and Religion
• Synthesis Philosophica
• SJR (2012): 0.114
• DOAJ category: Philosophy (General), Philosophy. Psychology. Religion, Philosophy, Philosophy and Religion 

Historie 

• BMGN : Low Countries Historical Review 
• IF (2012): 0.222, SJR (2012): 0.119, SNIP (2012): 0.471
• DOAJ category: History (General), History (General) and history of Europe, History, History and Archaeology
• jazyky: angličtina, holandština
• Historia Critica 
• IF (2012): 0.082, SJR (2012): 0.121, SNIP (2012): 0.264
• DOAJ category: History (General), History (General) and history of Europe, History, History and Archaeology
• jazyk: španělština
• Greek, Roman, and Byzantine Studies 
• SJR (2012): 0.123, SNIP (2012): 0.626
• DOAJ category: Ancient history, History (General), History (General) and history of Europe, History, History and Archaeology
• Anuario de Estudios Medievales 
• IF (2012): 0.034, SJR (2012): 0.123, SNIP (2012): 0.000 
• DOAJ category: Medieval history, History (General), History (General) and history of Europe, History, History and Archaeology
• jazyky: španělština, portugalština, katalánština...i angličtina
• Reti Medievali Rivista 
• SJR (2012): 0.101, SNIP (2012): 0.000
• DOAJ category: Medieval history, History (General), History (General) and history of Europe, History, History and Archaeology
• Revista de Estudios Histórico-Jurídicos 
• SJR (2012) 0.100, SNIP (2012): 0.166
• DOAJ category: Law in general. Comparative and uniform law. Jurisprudence, Law, Law, Law and Political Science
• jazyk: španělština, italština 

Lingvistika

• Computational Linguistics 
• IF (2012): 0.940, SJR (2012): 1.239
• DOAJ category: Philology. Linguistics, Language and Literature, Linguistics, Languages and Literatures
• Revista Signos 
• IF (2012): 0.055, SJR (2012): 0.176
• DOAJ category: Literature (General), Language and Literature, Languages and Literatures, Philology. Linguistics, Language and Literature, Linguistics, Languages and Literatures
• GEMA Online Journal of Language Studies 
• SJR (2012): 0.470
• DOAJ category: Literature (General), Language and Literature, Languages and Literatures, Philology. Linguistics, Language and Literature, Linguistics, Languages and Literatures
• Jazykovedný Časopis
• SJR (2012): 0.106
• DOAJ category: Philology. Linguistics, Language and Literature, Linguistics, Languages and Literatures
• jazyky: angličtina, slovenština 

Pedagogika, vzdělávání

• Language Learning and Technology 
• IF (2012): 1.379, SJR (2012): 0.988, SNIP (2012): 1.468
• DOAJ category: Special aspects of education, Education, Education, Social Sciences, Literature (General), Language and Literature, Languages and Literatures
• Australasian Journal of Educational Technology 
• IF (2012): 1.363 
• DOAJ category: Special aspects of education, Education, Education, Social Sciences
• Educational Technology & Society 
• IF (2012): 1.171, SJR (2012): 1.294
• DOAJ category: Technology (General), Technology, Technology (General), Technology and Engineering, Special aspects of education, Education, Education, Social Sciences
• Comunicar
• IF (2012): 0.350, SJR (2012): 0.251
• DOAJ category: Communication. Mass media, Philology. Linguistics, Language and Literature, Media and communication, Social Sciences, Education (General), Education, Education, Social Sciences
• English Teaching : Practice and Critique
• IF (2012): 0.213, SJR (2012): 0.660
• DOAJ category: Theory and practice of education, Education, Education, Social Sciences
• International Review of Research in Open and Distance Learning 
• SJR (2012): 0.551
• DOAJ category: Special aspects of education, Education, Education, Social Sciences
• Education Policy Analysis Archives 
• SJR (2012): 0.447
• DOAJ category: Special aspects of education, Education, Education, Social Sciences

Psychologie 

• Judgment and Decision Making 
• IF (2012): 1.860, SJR (2012): 1.136
• DOAJ category: Psychology, Philosophy. Psychology. Religion, Psychology, Social Sciences, Economic theory. Demography, Social Sciences, Economics, Business and Economics
• Evolutionary Psychology 
• IF (2012): 1.704, SJR (2012): 0.789
• DOAJ category: Psychology, Philosophy. Psychology. Religion, Psychology, Social Sciences
• Journal of Artificial Societies and Social Simulation (JASSS) 
• IF (2012): 0.713, SJR (2012): 0.387
• DOAJ category: Social sciences (General), Social Sciences, Social Sciences
• Psicológica
• IF (2012): 0.709, SJR (2012): 0.321
• DOAJ category: Psychology, Philosophy. Psychology. Religion, Psychology, Social Sciences
• Kromě plných textů jsou dostupná i hodnocení recenzentů
• Educational Technology & Society 
• IF (2012): 1.171, SJR (2012): 1.294
• DOAJ category: Technology (General), Technology, Technology (General), Technology and Engineering, Special aspects of education, Education, Education, Social Sciences

Sociologie

• Revista Internacional de Sociologia 
• IF (2012): 0.254, SJR (2012): 0.171
• DOAJ category: Sociology (General), Social Sciences, Sociology, Social Sciences
• Drustvena Istrazivanja 
• IF (2012): 0.189, SJR (2012): 0.201
• DOAJ category: Sociology (General), Social Sciences, Sociology, Social Sciences
• Revista de Sociologia e Política 
• SJR (2012): 0.235
• DOAJ category: Political science (General), Political science, Political Science, Law and Political Science
• Qualitative Sociology Review 
• SJR (2012): 0.179
• DOAJ category: Sociology (General), Social Sciences, Sociology, Social Sciences, Social sciences (General), Social Sciences, Social Sciences
• Africa Spectrum
• SJR (2012): 0.681
• DOAJ category: International relations, Political science, Political Science, Law and Political Science

---

Open Access předmětové repozitáře:

Protože jsem osobně spíše zastáncem zelené cesty Open Access (cesty autoarchivace v repozitářích), hledala jsem pro zmíněné obory také předmětové repozitáře, kam mohou autoři vkládat nejen články z otevřených časopisů, ale i z tradičních vědeckých periodik, u kterých to smlouva/vydavatel povoluje. Informaci o tom, jakou verzi a zda vůbec může autor zpřístupnit v otevřeném repozitáři, najdete ve smlouvě s vydavatelem a nebo můžete zkusit jeho politiku ověřit v databázi SHERPA/RoMEO. Je však nutné si uvědomit, že vydavatelské politiky se mohou rychle měnit a závazné jsou pro autora konkrétní podepsané smluvní podmínky.

Archeologie

• JIIA Eprints Repository: Dle dostupných informací mohou obsah vkládat členové vědecké oborové komunity, není ale příliš jasné, kdo do ní přesně patří. Snažila jsem se kontaktovat správce kvůli upřesnění, ale zatím bez odpovědi. 

Filozofie, religionistika

• PhilPapers: Kromě repozitáře pro obor filosofie portál nabízí také index a oborovou bibliografii. Registrace vyžaduje pouze vyplnění jednoduchého formuláře.
• PhilSci-Archive: Repozitář pro obor filosofie vědy
• Sammelpunkt. Elektronisch archivierte Theorie: Repozitář pro filosofii a příbuzné obory
• SciRePrints: Menší religionistický oborový repozitář

Historie

• PropylaeumDok: Repozitář pro obor klasická studia.
• ART-Dok: Repozitář pro obor dějiny umění. 

Lingvistika

• Cogprints: Víceoborový repozitář se zaměřením na psychologii, neurovědu, lingvistiku, filosofii a další obory.
• ArtXiker: Repozitář pro obor baskičtina a typologicky podobné jazyky.
• LingBuzz: Spíše webová stránka fungující jako oborový agregátor. Pro obor lingvistika.

Pedagogika

• peDOCS: Repozitář pro obor pedagogika, v němčině a angličtině. 
• TeLearn: Repozitář pro oblast Technology Enhanced Learning (TEL).

Psychologie

• PsychOpen: OA publikační platforma pro oblast psychologie - The European Open-Access Publishing Platform for Psychology. 6 časopisů, do budoucna nejspíše i jiné typy dokumentů (knihy, klinické zprávy). Publikování bez APC.
• PsyDok: Repozitář pro obor psychologie.
• History & Theory of Psychology Eprint Archive 
• Bibliopsiquis: Repozitář pro obor psychiatrie, ve španělštině. 

Sociální vědy

• Social Science Open Access Repository: Víceoborový repozitář, kromě sociologie (cca 8500 dokumentů) pokrývá obory jako je: politologie, demografie, ekonomie, psychologie, etnologie, kulturologie, antropologie...dále také filosofii, historii, lingvistiku aj.

Mimo tyto oborové repozitáře je dále možné vědecké publikace ze sociálních a humanitních věd zpřístupňovat v multidisciplinárních repozitářích jako je např.: figshare, Zenodo (sirotčí repozitář portálu OpenAIRE), SSRN aj. Případně na vědeckých sociálních sítích: ResearchGate, Mendeley, Academia.edu.

8. Sci20Tools: Závěrem shrnutí přínosů a rizik využívání nástrojů Webu 2.0 ve vědě

zdroj: bit.ly/OSlogo

Dá se říct, že pokud by se nástroje Webu 2.0 začaly masověji ve vědě používat, tak půjde jistým způsobem o návrat do minulosti, pouze s jinými - novými - technologiemi. Tomu můžeme rozumět tak, že se vědecké poznání opět stane veřejně přístupným. Teprve koncem 18. století se začala věda uzavírat do kruhů s privilegovaným přístupem [Könneker, 2013] - k informacím, k bádání v izolovaném prostředí, laboratořích. A napomohl tomu i nárůst státní finanční podpory vědě, která začala vytlačovat sponzorování aristokraty [Könneker, 2013]. Nástroje Science 2.0 naplňují v mnohém charakteristiky Open Science, mezi něž patří otevřenost vůči veřejnosti, demokratizace přístupu k informacím i jejich tvorbě, podpora sdílení, spolupráce, znovuvyužití výsledků a alternativní cesty získávání nových informací, ale také kontaktů, kolegů, financí a veřejnosti na svou stranu. Mimoto je nový způsob šíření a zásahu čtenářů možné například využít pro alternativní způsoby hodnocení dosahu a vlivu pomocí Altmetrics.

S novými 2.0 nástroji však nepřichází pouze výhody, ale také určité nevýhody nebo rizika. Velkým problémem je například nedůvěryhodnost, kterou můžeme chápat dvojím způsobem. Nedůvěryhodnost služeb a nástrojů, kdy například není jasné, kdo je provozovatelem, jaký je jeho opravdový cíl, jaká je udržitelnost a kompatibilita s dalšími službami a nástroji a zároveň nedůvěryhodnost zdrojů/informací jako takových. Chybí zde klasické peer-review, kterému vědci přiznávají velkou váhu. Je zajímavé, že přestože vědci např. u literatury dávají na doporučení svých kolegů, u doporučení přes Web 2.0 jsou zdrženlivější. [Procter, 2010] Také je problémem roztříštěnost nástrojů. Jak je patrné z představení příkladů, neexistuje vždy pouze jeden nástroj pro jeden úkon, ale celá řada. Není přitom jasné, podle čeho si vybrat nástroj pro sebe a zda bude tato volba správná. Zda nástroj najde dostatek uživatelů či jiných motivů pro to, aby přečkal déle jak jednu zimu. Vědci však problém Science 2.0 vidí především v časové náročnosti. Už nyní jsou zaměstnáváni více byrokracií a jinými (zbytečnými) úkony a ve vědeckém blogování, sdílení dat či zapojování do sociálních sítí tak nevidí smysl a údajně pro to nedokáží najít čas. V otevřeném prostředí sociálních nástrojů, umožňujících snadné sdílení a šíření informace, je často také problém určit, kdo byl původním autorem, kdo je oprávněn informace využít ku svému prospěchu apod. Zároveň využívání Science 2.0 nástrojů často brání neznalost a nedostatečné dovednosti, případně neschopnost institucí podpořit vědce v používání těchto prostředků nebo dokonce institucionální zákaz. [Procter, 2010] Posledním příkladem určité nevýhody je strnulost, s jakou musí tento nový přístup ke způsobu práce ve vědě zápasit. Ač jsou vědci experimentátory, v tomto se drží zavedeného. Přínos nových nástrojů nejsou (zatím - doufám) příliš ochotni objevovat.

Jak je vidět, výčet rizik a nevýhod je stále poměrně dlouhý, přesto nemůžeme benefity, které Web 2.0 vědecké komunikaci přináší, nechat bez povšimnutí. Vzhledem k aktuálním diskuzím ve vědeckých kruzích a postupnému příklonu k Open Science, lze do budoucna předpokládat, že pomalými kroky věda nakonec plně dospěje k otevřenosti, sdílení, širší spolupráci, transparentnosti a veřejné přístupnosti. Je však potřeba říci, že k naplnění těchto charakteristik není nutné pouze ovládnout technicky nabízené nástroje, ale také změnit či upravit způsob myšlení a postupy zavedené ve vědecké praxi.

Co dál číst a sledovat?

Connected Researchers: http://connectedresearchers.com/

Science in the Open: http://cameronneylon.net/ (spíše OS)

UK Web Focus: http://ukwebfocus.wordpress.com

Science 2.0 (asociace) http://www.leibniz-science20.de/

Twitter: #science20, #iamscientist

Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

Použitá literatura:

Könneker, Carsten; Lugger, Beatrice. 2013. Public Science 2.0: Back to the Future. Science [online]. 4 October 2013, vol. 342, no. 6154 [cit. 2013-10-19]. s 49-50. Dostupný z WWW (DOI): <http://dx.doi.org/10.1126/science.1245848>. 

Procter, R. et al. 2010. Adoption and use of Web 2.0 in scholarly communications. Philosophical Transactions of the Royal Society A [online]. 13 September 2010, vol. 368, no. 1926 [cit. 2013-10-19]. s. 4039-4056. Dostupný z WWW (DOI): <http://dx.doi.org/10.1098/rsta.2010.0155>. ISSN 1471-2962.

7. Sci20Tools: Hodnocení - citace, impakt, prestiž

zdroj: http://impactstory.org/CarlBoettiger

Posledním krokem ve vědeckém cyklu je hodnotící fáze, kdy je zjišťováno, jak byl výsledek přijat, zda je citován, kým a kolikrát. V tomto Science 2.0 nabízí alternativu tradičnímu modelu hodnocení vědy v podobě Altmetrics nebo otevřených postpublikačních peer-review platforem. Příkladem konkrétního nástroje pro sledování sociálního vlivu je ImpactStory, služba určená k vytváření vědeckých profilů s informacemi o dosahu a ohlasu u publikační činnosti. Ukazuje nejen citovatnost, ale také stahovanost (download nebo uložení např. záložky), jak moc se o daném výsledku diskutuje a jak moc je doporučován. Navíc toto vše neukazuje pouze u článků, ale také u dat, prezentací, softwaru a stránek, které si se svým účtem spojíte. Kompletní seznam metrik a zapojených služeb si můžete prohlédnout ve FAQ ImpactStory.

PaperCritic umožňuje autorům monitorovat zpětnou vazbu k jejich publikacím a ostatním uživatelům přidávat hodnocení a recenze. Služba je propojená s Mendeley, ale opět ji trochu podezřívám, že nefunguje správně a hlavně je z nedávné aktivity patrné, že není tak nedávná, jako spíše dávná. K publikacím vydaným v PLoS ONE nabízí vydavatel PLoS Impact Explorer, který získává data z Altmetric.com, komerčního altmetrics nástroje. Barevný sociální koláč nejen graficky zobrazuje rozložení zásahu sociálních sítí, ale po najetí na něj uvidíte také kolikrát byl článek konkrétně tweetován, kolikrát se objevil na Facebooku, Google+ a dalších sociálních sítích. Obdobně se s altkoláčem můžete setkat také v BioMed Central nebo například u Springeru a Scopusu. 

Služba Altmetric všem uživatelům nabízí bookmarklet, díky němuž můžete při čtení článku zobrazit alternativní statistiky ke konkrétní publikaci na jedno kliknutí. Jenom pozor, funguje pouze v PubMed Central, arXiv a u stránek obsahujících DOI. Mezi Web 2.0 nástroje určené ke sledování zpětné vazby bychom dále mohli řadit i Google Scholar, který kromě vyhledávání nabízí vytváření a spravování uživatelských profilů a sledování citací.

S postpublikačními peer-review platformami se - viditelně - roztrhl pytel a na výběr jich je opravdu hodně. Nástroje jsou realizací konceptu otevřeného peer-review, kdy recenzenti nejsou anonymní. V předchozích částech byl již zmíněn PaperCritic a SelectedPapers.net. Dalším příkladem postpublikačního peer-review nástroje je třeba Publons. Zde mohou uživatelé recenzovat, diskutovat nad články, hodnotit recenze, a pokud recenze vyvolá dostatečně kladný ohlas, může získat identifikátor DOI. Články lze vyhledávat dle názvu, autora, tématu a nebo je importovat pomocí identifikátorů spolupracujících databází a časopisů , BibTexu nebo manuálně vyplněním formuláře. Dále lze obsah databáze procházet podle publons, akademiků, recenzí, témat, institucí a časopisů. Aby autoři nezneužívali systém pro vytváření kladného ohlasu a recenzí pro své práce, jsou všechny přidané recenze nejdříve poslány ke schválení editorům. V případě sporných názorů editoři kontaktují recenzenta. Pokud se do 14 dnů neozve, je recenze smazána.

Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.

Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

6. Sci20Tools: Prezentace - publikace, patenty, konference

Významnou součástí vědecké komunikace je po dosažení výsledků jejich publikování, případně patentování a prezentování. Místo posílání nekonečně číslovaných souborů emailem (s pokaždé jiným a rozhozeným formátováním) nabízí Science 2.0 ve čtvrté fázi vědcům nástroje např. pro kolaborativní psaní. Dále mohou využívat repozitáře a sociální sítě pro šíření hotových paperů, dat a jiných přidružených publikací (enhanced publications) a také nástroje pro otevřené peer-review pro dosažení (neformálního) hodnocení. K prezentování existuje řada online nástrojů pro tvorbu interaktivních prezentací.

zdroj: bit.ly/Authoreaex

V případě kolaborativního (versovaného) psaní je možné využít - vedle obecně známých Google Docs - například nástroj Authorea. Autorům umožňuje v online editoru kolaborativně psát (podporuje LaTeX, Markdown, HTML5, umožňuje uzamknout pasáž k úpravám, na které zrovna pracujete), citovat s využitím integrovaného vyhledávání článků (pomocí DOI, klíčových slov), komentovat, sledovat změny v článku a případně se vracet k jiným verzím, nebo exportovat článek přímo do stylu některého ze spolupracujících časopisů/institucí (PLoS One, APJ, Science, Nature, PNAS, CERN,...).

Když už je článek vytvořený a odeslaný vydavateli k recenznímu řízení, může autor - pokud mu to smlouva s vydavatel povoluje - uložit článek například do některého z otevřených repozitářů a tak začít s jeho šířením. Konkrétně v částicové fyzice průzkum ukázal, že více jak 90% článků [SCOAP3, 2007] je v preprintové verzi uloženo ještě před oficiálním vydáním v arXivu a sbírá tak již citace, ohlas a zpětnou vazbu [Brooks, 2009]. Autoarchivace a obecně sdílení vědeckých výstupů prostřednictvím nástrojů Webu 2.0 tak mění model šíření informací z filter-than-publish na publish-than-filter [Burgelman, 2010]. O tom, co si uživatel přečte si rozhoduje on sám, nikoliv vydavatel. K šíření je však možné využít také zmíněné vědecké sociální sítě, ať už všeobecné (Twitter s hashtagy jako #iamscience, #myresearch), vědecké multioborové (ResearchGate, Mendeley, Academia.edu atd.) nebo oborové. Například zmíněná síť Mendeley nabízí uživatelům ke každému článku základní statistiky o jejich čtenářích - kolik jich bylo celkem, z jakých oborů, odkud jsou, jaký je jejich akademický statut. Na základě těchto údajů o čtenářích Mendeley v nadstavbové službě ReaderMeter ukazoval prestiž/impakt/dosah autora. Služba ale zdá se již nefunguje. Z oborových sociálních sítí, kde je možné rozšiřovat informace o svém výzkumu, lze zmínit například MalariaWorld, síť zaměřenou na odborníky na malárii.

zdroj: bit.ly/figsharepriklad

Ve vědě ovšem není důležitý pouze výsledný článek, ale také surová data, prezentace, tabulky a další přidružené informace, data a dokumenty. Pro sdílení těchto materiálů (včetně paperů) slouží například figshare, multioborový datový repozitář. Soubory lze nahrávat buď jako soukromé, zde je k dispozici omezené úložiště (1GB), nebo jako veřejný. Záznam lze tagovat, přidat popis, kategorie a odkazy na související obsah. Uživatelům figshare nabízí export do Ref, Mendeley a Endnote. Veřejně nahrané vzorce, články, média, postery a filesety jsou automaticky publikovány pod licencí CC BY, data jsou publikována pod licencí CC0 (vysvětlení). Veřejně nahrané výzkumné dokumenty zároveň získají DataCite DOI (např. http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.827263).

Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.

Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

Použitá literatura:

Burgelman, Jean-Claude; Osimo, David; Bogdanowicz, Marc. 2010. Science 2.0: change will happen. First Monday [online]. 5 July 2010, vol. 15, no. 7 [cit. 2013-10-20]. Dostupný z WWW: <http://firstmonday.org/ojs/index.php/fm/article/view/2961/2573>. ISSN 1396-0466.

Brooks, Travis; Gentil-Beccot, Anne; Mele, Salvatore. 2009. Citing and Reading Behaviours in High-Energy Physics: How a Community Stopped Worrying about Journals and Learned to Love Repositories [online]. Geneva: CERN, 2009 [cit. 2013-10-20]. Dostupný z WWW: < http://arXiv:0906.5418>.

SCOAP3 Working Party. 2007. Towards Open Access Publishing in High Energy Physics [online]. Geneva: CERN, 19. April 2007 [cit. 2013-10-20]. Dostupný z WWW: <http://scoap3.org/files/Scoap3WPReport.pdf>. 

5. Sci20Tools: Proces - experiment, sběr dat, analýza

Web 2.0 pomocníků vhodných pro třetí fázi vědeckého cyklu existuje nespočet. Jsou to například nástroje pro sdílení workflow, metod, laboratorních protokolů, poznámek, blogovací platformy, Q&A služby, platformy citizen science projektů, kolaborativní verzovací nástroje, datové repozitáře atd. Více příkladů je opět k nalazení v seznamu na bit.ly/Scie20Tools, já zde představím jen několik příkladů pro procesní fázi vědecké komunikace.

Prvním příkladem je myExperiment, webová služba/sociální síť, která po zaregistrování umožňuje uživatelům sdílet výzkumné metody, postupy a experimentální plány. Kromě popisných metadat a přiložení souboru může autor vystavit dané workflow pod vybranou licencí (CC 3.0 Unported, MIT licence, BSD licence, Apache Licence v2.0, GPL 2.0, LGPL 2.1, 0CC 1.0) a umožnit ostatním uživatelům hotovou metodu využít pro obdobné výzkumy dle licenčních podmínek (re-use). Metody nebo spíše laboratorní poznámky a dílčí výsledky mohou být sdíleny prostředictvím tzv. Open Notebook Science (ONS) platforem jako je OpenWetWare, wiki umožňující biologům a bioinženýrům blogovat, sdílet protokoly a laboratorní poznámky, vytvářet skupiny a kurzy. Za ONS lze ale považovat v podstatě jakýkoliv vědecký - laboratorní - blog. Zde mohou sloužit běžné blogovací servery, vlastní webové stránky, nebo mohou vědci využít zavedené servery jako je Science 2.0 nebo Hypotheses pro humanitní obory. Vědecké blogy plní nejen popularizační funkci, ale nabízí prostor pro širší diskuzi, často jsou více neformální, umožňují publikovat pouze dílčí jednotlivé myšlenky, případně nevyřešené problémy a otázky.

zdroj: http://crowdcrafting.org/app/airquality/

Hlavní vědecký tým je již sestavený z předchozí přípravné fáze, nicméně do procesní je možno zapojit další účastníky - tzv. občanské (ne)vědce. Zapojováním vědců amatérů do výzkumu se říká citizen science a existuje řada portálů umožňující prezentaci projektů vyzývající vědecké amatéry k zapojení. Ukázkou takového nástroje je (jeden z mnoha a možná méně známý) crowdcrafting, open-source nástroj pro propojení vědců a dobrovolníků po celém světě za účelem splnění drobných úkolů. Pro vytvoření nového projektu je potřeba se zaregistrovat, což lze také propojením s Twitterem, Facebookem nebo G+ účtem. Projekty jsou řazeny do několika základních kategorií. U projektu je vidět název, jméno autora, kolik procent je již splněno, kdy byla zaznamenána poslední aktivita apod. Po rozkliknutí je možné přidat/vidět detailní informace k projektu, úkolu a co zapojením dobrovolník získá (např. odznak - badge). Vědci mají pro každý projekt k dispozici statistiky.

Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.

Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

4. Sci20Tools: Příprava - nápad, tým, peníze

V přípravné fázi má vědec již konkrétní nápad na výzkum, formuluje plán projektu, shání kolegy do týmu a finance. I zde existují nástroje, které práci mohou usnadnit či doplnit tradiční cesty a postupy.

zdroj: https://app.quadrant.edu.au/quadrant/project/view/222

Co se týče koordinování a řízení projektů, mohou zde pomoci tzv. project management systems, nástroje pro řízení projektů. Vedle desktopových aplikací existuje řada online služeb, které umožňují spolupracovat na projektu více lidem v týmu, zadávat úkoly, hlídat termíny apod. Jedním z takových nástrojů je např. Quadrant, který je přímo orientovaný na organizaci vědeckých projektů. Vědcům nabízí online úložiště souborů a dat, řízení týmové spolupráce, přidělování úkolů a zodpovědnosti, nastavování přístupu k informacím, vytváření workflow s jednotlivými úkoly, vyhodnocování vývoje, audit a reportování výzkumu, komentování a poznámky, upozornění a emaily apod. Nástroj je do 30. července 2014 k užívání zdarma, stačí se zaregistrovat.

Aby bylo s kým spolupracovat na projektu, je potřeba vytvořit vědecký tým. V případě, že vědec potřebuje sehnat nové kolegy, kteří by se zapojili, je možné pro rozšíření kontaktů a vyhledávání nových spojenců využít vedle již zmíněných vědeckých sociálních sítí například také ORCID, službu přidělující autorský identifikátor. Hlavním cílem této služby je přidělování unikátních identifikátorů autorům a na základě těch potom na profilu autora propojovat informace o jeho výstupech z dalších služeb (např. American Physical Society, datový repozitář figshare, ImpactStory, ResearcherID nově implementuje propojení Springer a Wiley-Blackwell, fungovat by propojení mělo již u Elsevieru.). Databáze tak může být využita například k ověření, zda se konkrétní člověk zabývá podobnými tématy, zda se do vašeho týmu hodí. Pro vědce ORCID nabízí vhodnou formu prezentace jeho dosavadní práce, zároveň získává jednoznačný identifikátor, kterým se může logovat do dalších služeb, které postupně přibývají. Na portálu je možné vědce hledat podle jména, ORCID ID, instituce nebo také podle klíčových slov.

zdroj: bit.ly/Microryzapriklad

Na výzkum jsou samozřejmě potřeba také peníze. Tradičním zdrojem jsou různé granty, dotace, fondy či institucionální rozpočty. Jistý obnos ovšem vědci mohou získat také prostřednictvím nových crowdfundingových platforem. Když mohou umělci získávat finanční podporu od veřejnosti, proč by ti samí dárci alespoň částečně nemohli pomoct s náklady například na terénní výzkum? Americkou vědeckou obdobou Kickstarteru nebo  českého Hithitu je např. microryza. Služba umožňuje vědcům představit projekt, cíl a smysl nějaké konkrétní části a dát veřejnosti možnost se na ní finančně spolupodílet. Na oplátku za to mohou po dosažení cílové částky, stihne-li to projekt včas, nahlédnout pod pokličku projektu. To je poněkud rozdíl od klasických crowdfundingových služeb, ty totiž dárcům nabízí hmotné odměny. Zde je odměnou dobrý pocit z pomoci a možnost vidět například dílčí výsledky výzkumu apod.

Bohužel zrovna u crowdfundinových služeb mi přijde životnosti projektů nejistá. Od doby tvoření tohoto příspěvku (srpen-říjen 2013) ze 7 platforem funguje již jen 5 a i zde je dle mého názoru cvrkot nízký. Jak ale upozorňuje Martin Rychlík [2013], důležité je si uvědomit, že pokud se povede konkrétnímu vědeckému projektu od veřejnosti - obyčejných smrtelníků/nevědců - vybrat cílovou částku, je to velký úspěch, dokazující, že věda může zaujmout i mimo akademické kruhy.

Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.

Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

Použitá literatura:

Rychlík, M. 2013. Crowdfunding už i ve vědě! Nač dáte peníze vy?. Česká pozice: Informace pro svobodné lidi [online]. Léko Media Group, 2010 - 2013, 13.6.2013 [cit. 2013-10-19]. Dostupný z WWW: <http://www.ceskapozice.cz/domov/veda-vzdelavani/crowdfunding-uz-i-ve-vede-nac-date-penize-vy>.

3. Sci20Tools: Studium - nové informace novým způsobem

Odbornou literaturu lze získávat tradiční cestou - pomocí katalogů a databází knihoven - a akademici se tuto cestu více či méně naučili používat. Alternativou nebo možná spíše doplňkem k těmto zdrojům informací jsou například služby poskytující uživatelské informace hodnotící nějakým způsobem konkrétní vědecké práce, systémy doporučování apod. 

Příkladem nástroje shromažďujícího uživatelské informace k článkům je ScienceGist, kam mohou uživatelé k vědeckým paperům přidávat vlastní anotace a shrnutí. Autoři cíl vidí v přiblížení obsahu vědy veřejnosti, nicméně shrnutí od kolegů z oboru k různým článkům může pomoci i vědcům. Především v rozhodování, zda článek stojí za čtení, zda v něm najdou něco nového. Články můžete hledat buď podle názvu, DOI nebo podle tagů, které tvůrci jednotlivým Gistům přidávají. Ty se dají také v části “Categories” procházet podle abecedy. ScienceGist vznikl teprve letos v červenci, proto zde zas takové množství článků nenajdete, nicméně je to ukázka toho, jak vytvořit službu postavenou na uživatelsky generovaném obsahu, přinášející prospěch jak vědcům (zhodnocení obsahu článku), tak veřejnosti, neboť shrnutí by měla být psána (jak tvrdí autoři) jednoduchou angličtinou a přístupně.

zdroj: selectedpapers.net - ukázka diskuze

Další ukázkou obdobného nástroje je SelectedPapers.net, který umožňuje doporučovat, komentovat či diskutovat nad papery a přidávat je na svůj reading list, sdílet a tagovat (kategorizovat). Prohledávat databázi můžete kromě názvu a identifikátorů článku také podle lidí, témat a komentářů. Nástroj je propojený s Google+, takže si nemusíte vytvářet nový uživatelský účet, jen využijete svůj stávající G+. Díky tomuto propojení můžete obsah buď přidávat přímo na SelectedPapers nebo sdílením příspěvku na G+ s hashtagem #spnetwork a identifikátorem článku ve spolupracující databázi/repozitáři (arXiv, PubMed Central) nebo DOI. Konvence zápisu hashtagů a identifikátorů naleznete v nápovědě na SelectedPapers.net. Do budoucna se plánuje službu propojit i s jinými soc. sítěmi jako je např.  Twitter.

Alternativním zdrojem literatury mohou být také vědecké sociální sítě. Ty mohou být pro získávání literatury využity tak, že buď sledujete kolegy a vědce stejného zaměření, respektive sledujete co sdílí, co četli a co doporučují, nebo sociální síť využijete jako katalog/vyhledávací nástroj. Sítě totiž kromě vytváření profilů, skupin a diskuzních témat umožňují vědcům nahrát na profil také jejich publikační činnost a články buď zveřejnit i s fulltextem, nebo zobrazují alespoň metadata. Největšími a nejrozšířenějšími vědeckými sociálními sítěmi jsou Mendeley a ResearchGate a obě vyhledávání publikací nabízí, i když s trochu jinými přidanými hodnotami.

zdroj: researchgate.net - ukázka request button

ResearchGate umožňuje databázi prohledávat až po přihlášení, ale kromě metadat u nezpřístupněných článků nabízí také request button, tlačítko, kterým autorům článku odešlete žádost o zpřístupnění plného textu. Já jsem si efektivitu tlačítka vyzkoušela tak, že jsem náhodně vybrala nejdříve 8 o týden později 10 českých vědců, kteří neměli u svých článků fulltext a poslala jim žádost o fulltext. Nakonec se mi vrátily od první skupiny 3 plné texty (do 2. dne) a u druhé skupiny 3 do 2. dne a 1 po skoro měsíci. Žádost se autorům posílá nejen jako interní zpráva na ResearchGate, ale také jako email, ten může ale spadnout do spamu, nebo jej vědci jednoduše ignorují. ResearchGate totiž často posílá emaily se shrnutím aktivit, diskuzí a různé vábničky pro vrácení neaktivních uživatelů do hry. Ještě k nějakým číslům - podle ResearchGate je zde přítomno 14 500 uživatelů z ČR, přesné číslo aktivních mi poskytnuto nebylo, ale v odpovědi od producenta jsem se dozvěděla, že obecně je 30% uživatelů alespoň jednou měsíčně aktivních. 

Mendeley umožňuje prohledávat databázi i nepřihlášeným uživatelům, nyní (říjen 2013) nabízí 476 650 810 dokumentů od více jak 2,6 milionu zaregistrovaných uživatelů. Při vyhledávání Mendeley nabízí zúžení výsledků na OA články, tedy ty, u kterých se dostanete k plnému textu. Tlačítko ale podle mne poslední dobou zlobí - dříve vracelo více výsledků, nyní pracuje podivně. Navíc ale nabízí referenčního manažera, kde si autor může soustředit a třídit nejen svou publikační činnost, ale také ostatní literaturu.

Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.

Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.