co tu

Zobrazují se příspěvky se štítkemSNM. Zobrazit všechny příspěvky
Zobrazují se příspěvky se štítkemSNM. Zobrazit všechny příspěvky

čtvrtek 18. září 2014

Open Science - moje studijní (r)evoluce

Otevřená věda - vědecká (r)evoluce
24 hodin jsem otitulovaná. #SNMgraduate. Pocit je to příjemný i smutný zároveň. Přestože jsem se těšila na okamžik, až to bude za mnou, mám nyní pocit, že mě čeká jen pracovní stereotyp a kontinuální hloupnutí...

Nu, ale o tom tento žblept být nemá. Má především odkázat na moji diplomovou práci, kterou jsem slíbila po obhajobě zveřejnit a tak také činím. Najdete ji v Digitálním repozitáři UK http://hdl.handle.net/20.500.11956/63092.

Budu ráda za jakoukoliv kritiku, poznámku, doplnění, reakci, šíření. Jak je libo ,)

EDIT. 2018-12-12: Již při skládání kratičké kapitoly o otevřené vědě do knihy Otevřený přístup k vědeckým informacím: současný stav v České republice a ve světě jsem zjistila, že mi v diplomové práci vypadla v přehledu použité literatury citace 1 zásadní kapitoly z knihy Opening Science a že se v textu asi na 40 místech odkazuji chybně na jinou kapitolu. Nu, ostuda jak řemen - kovářova kobyla chodí bosa...
Ráda bych proto alespoň na tomto místě uvedla chybějící citaci:
FECHER, Benedikt a Sascha FRIESIKE. Fecher, 2014. Open Science: One Term, Five Schools of Thought. In: Bartling, Sönke a Sascha Friesike (eds.). Opening Science: The Evolving Guide on How the Internet is Changing Research, Collaboration and Scholarly Publishing. Springer, 2014, s. 17-47. ISBN 978-3-319-00025-1. Dostupný také z (DOI): 10.1007/978-3-319-00026-8_2
A zároveň je tedy nutné doplnit, že téměř všechny [Bartling, 2014] citace v kapitole 2.3 Pět myšlenkových škol (+ pár výskytů dále v textu), kde jsem čerpala z textu Open Science: One Term, Five Schools of Thought, jsou uvedeny chybně - kapitolu nepsala Sönke  Bartling (ta je autorkou jiných kapitol a editorkou celé knihy), ale Benedikt Fecher a Sascha Friesike, jak je patrné z citace výše.

Erratum lze do Studijního informačního systému UK vložit pouze 15 dní od obhajoby, následně již autor nemá šanci uvést případné chyby na pravou míru. Jakožto obsedantní puntičkářku mě to štve extrémně, ale nedá se svítit .(

pondělí 14. července 2014

Co se tam nevešlo #diplomka

Ještě jsem ani nedopsala závěr a už jsem si byla vědoma řady obsahových nedostatků své diplomové práce. Chybí v ní například detailnější popis popularizačních a komunikačních aktivit vědy, mikroblogování, vědeckého blogování a konceptu otevřeného recenzního řízení, dále představení otevřených výukových zdrojů, open notebook science, open code, open source software... Prostě toho chybí mnoho. Mohla jsem zároveň dát více prostoru příležitostem a rizikům otevřené vědy vycházejícím z jiných než definovaných důsledků kola budoucnosti.

Diplomová práce tyto části neobsahuje především z důvodu zachování alespoň trochu přívětivého rozsahu, k jehož limitování jsem se vyjadřovala v minulém žbleptu. A také proto, že na to prostě nebyl čas. Otevřená věda je komplexní záležitostí, kterou dle mého názoru nelze pokrýt znalostmi studenta nav. Mgr. 

Protože ale nemám ráda polovičatosti, tímto bych se ráda omluvila především sama sobě. Že práce není tak dokonalá, jak jsem si představovala .)

Mým 209 116 znaků stran jsem v noci odeslala k finální konzultaci a doufám, že to projde. Strávila jsem nad textem poslední 3 měsíce + nějaký čas ve druhém ročníku. A také čas věnovaný přednáškám, seminářům a školení k otevřenému přístupu, datům a vědě v posledních 4 letech. 

Díky psaní diplomové práce jsem si uvědomila, jak málo stačí k tomu, aby člověk žil v iluzi, že něčemu rozumí. Teď vím, že odborníkem na otevřenou vědu zdaleka nejsem, ale věřím, že princip open science jsem pochopila dostatečně. A také mohu potvrdit, že mě téma i přes veškeré diplomkové výkřiky na blogu či sociálních sítích nepřestalo bavit .)


P. S. Do státnic celou práci zveřejňovat nebudu, má-li ale někdo zájem o zatím stále neobhájenou verzi, může mi napsat na t.simandlova@gmail.com.

pátek 4. července 2014

Kdo to má číst? #diplomka

Fascinuje mě závěr vysokoškolského studia. V jednom se teď zrovna nacházím, dopisuji diplomovou práci... 
V opatření děkana č. 10/2014 se praví, že minimální rozsah diplomové práce je nejméně 108 000 znaků (tj. 60 normostran), maximum není stanoveno. Přesto se vždy na všech diplomových seminářích nebo mezi dveřmi na katedře člověk dozvídá, že to tak (asi) není. Vždyť: "Kdo to má číst?"

Aha. Dobrá. Takže obsah práce nikoho nezajímá? Hlavně že jsme na znak přesně ve stanoveném limitu? Chápu to správně? Jde tedy jen o další čárku na seznamu? 

U nás na oboru máme údajně problém s absolventy. Nedivím se. A věřím, že i jinde je to podobné. Často jde o lenost, možná únavu po 18-20 letech studia. Zaneprázdněnost jinými věcmi, které tak nějak s věkem přichází. Ale na druhou stranu, proč by měl student mít motivaci produkovat +- 60 normostran textu pro text... Když, je-li téma příliš úzké, musí natahovat zbytečnými bláboly, a je-li téma příliš široké, poslouchá ze všech stran: "Neblbni, kdo to bude číst?".

Nevím. Nevím, zda bude mé téma pro někoho zajímavé ke čtení. Stejně tak nevím, zda bude moje diplomová práce vůbec dohledatelná v našem univerzitním repozitáři (což je kapitola sama o sobě). Rozhodla jsem se ale zapřít. Psát ne na znaky, ne kvůli titulu, ale kvůli sobě. Abych si své práce potom mohla vážit. Abych věděla, že jsem napsala diplomku, která je v mých očích úplná, konzistentní. A aby mělo cenu ji číst. 


Snad se mi to i povede ,)


pátek 23. května 2014

Henry pláče #diplomka

"Henry Oldenburg, editor jednoho z prvních revolučních recenzovaných vědeckých žurnálů, se obrací v hrobě při sledování opakující se historie v podobě zatvrzelosti a neochoty autorů sdílet otevřeně vědecké práce"... asi nebude dvakrát vhodná věta do diplomky...  Ale kruci je to tak!


Protože jsem v procesu psaní a nestíhám psát jiné - blogové - příspěvku, zahajuji rubriku diplomkové výkřiky.

středa 30. dubna 2014

Manifest otevřené vědy

Do předmluvy své diplomové práce jsem (volně) přeložila Open Science manifesto a asi by byla škoda, kdyby tento text zůstal českému publiku neznámý. Tedy čtěte! (a případně vkládejte do komentářů opravy překladu z angličtiny ,))


V roce 1665 byly publikovány první dva vědecké časopisy a věda tak byla vytažena z temných dob záhadných anagramů, tajných objevů a hořkých zákopových válek. Dnes žijeme v jiném temném období: v době časopisů s placeným přístupem, nezveřejněných kódů a dat, metrik založených na prestiži a nereprodukovatelných experimentech. Ale začíná se objevovat další vědecká revoluce: otevřená věda.

Žijeme v době internetu: Wikipedie, Google a WikiLeaks. A internet můžeme využít i ve vědě - pro publikování článků, zdrojových kódů a dat, pro budování rozsáhlých online databází, pro využívání moderních algoritmů k měření individuálního vědeckého přínosu, k umožnění podílet se amatérům a vědcům ze zemí ne tak privilegovaných jako na západě. A případně také k budování revolučních vědeckých vyhledávacích nástrojů, které rozumí smyslu dokumentů a které umí odpovídat na konkrétní vědecké otázky díky obrovské výpočetní síle umožňující automatizaci procesu tvorby objevů a zdůvodnění, k vytváření Wikipedie, která kompletně reflektuje aktuální stav vědeckých znalostí a poznatků.

Aby se toto stalo skutečností, musíme začít teď. Jsi-li vědec, publikuj otevřeně. Sdílej svá data. Nahrávej svůj kód. Ptej se. Vysvětluj, čemu rozumíš. A přicházej s novými způsoby sdílení své práce. Ať uděláš cokoliv, ujisti se, že je to otevřené a že jsi na to hrdý.

Věda je založená na budování, znovuužití a otevřené kritice publikované části vědeckých poznatků. Pro efektivní fungování vědy, pro to, aby společnost těžila ze všech benefitů z vědeckého úsilí, musí být věda otevřená. Časopisy s uzavřeným přístupem, nesdílená práce, nereprodukovatelný výzkum plýtvá penězi, které nám daňoví poplatníci svěřili a brání společenskému, technologickému a medicínskému pokroku naší společnosti.

Připoj se k nám - otevři svou vědu.
” 

pondělí 16. prosince 2013

Sociální média, občanská žurnalistika a mediální změny v době zemětřesení: Japonsko 3.11

Tato práce je autorskou částí skupinové seminární práce Japonsko: televize a nová  média odevzdané v rámci předmětu Televize a nová média (ANM50561), ZS 2013/2014. 

Význam médií v očích lidí stoupá nejen při mezinárodních sportovních událostech či při volbách, ale také především v krizových situacích, kdy je zvýšený zájem o aktuální informace. Jinak tomu není ani v Japonsku, které je velice často postihováno zemětřesením. To v novodobé historii stihlo zasáhnout nejen obyvatelstvo, ale také mediální prostředí. A to jak masmediální, tak také prostředí nových, respektive sociálních médií. 

11. březen 2011 se do historie Japonska zapsal jako den, kdy zemi zasáhlo velké zemětřesení o síle 9,0 stupně Richterovy škály s epicenterem 70 km od ostrova Honšú [Zemětřesení…, 2013]. Šlo údajně o 5. největší zemětřesení od roku 1900 [Zemětřesení…, 2013], které mělo za následek 16 273 mrtvých a 3 061 pohřešovaných lidí [Earthquake…, c2013]. Samotné zemětřesení však nebylo nejničivějším činitelem. Tím byly vlny tsunami, které po zemětřesení zaplavily především provincii Tóhoku [Zemětřesení…, 2013]. Japonsko je vinou dějinné paměti obehnáno po celém pobřeží valy, které by měly vlny zastavit, v roce 2011 byly však některé vlny až třikrát vyšší a pobřeží bylo smeteno velkou vodou. Obyvatelé se logicky kvůli informacím obraceli na velká média, ta byla však následně obviněna ze zatajování důležitých informací. Ty nejdůležitější se týkaly havárie v jaderné elektrárně Fukušima I., ve které došlo k výbuchu nahromaděného vodíku, úniku radiace a přehřívání dvou reaktorů. Díky tajení a zkreslování informací ze strany vlády, úředníků, Tokyo Electric Power Company a také mainstreamových médií, tak mnohé zahraniční reporty hovoří o ztrátě důvěry v oficiální média a přesunutí zájmu o informace na alternativní kanály. V Japonsku známý termín “masu-gomi” (“Mass garbage") se dostal za hranice země. Kritizována nebyla tedy jen vláda, ale také právě neschopnost médií sledovat fakta, informace ověřit a nezávisle a pravdivě informovat občany. [MediaShift…, c2013a] 

Rather than trying to find out the truth, the media became a PR machine for the establishment.”  - Yasuo Onuki, bývalý výkonný producent NHK

Mezeru v národním informování zaplnily zprávy z médií ze zámoří a také neoficiální zprávy zveřejněné na internetu a na sociálních sítích. Například starosta města Minami Soma (25 km od Fukušimi) zveřejnil 2 týdny po výbuchu elektrárny na Youtube video s apelem na hlavní média, aby se přijela do místa podívat a reportovala pravdivé informace. Kvůli nezávislým informacím řada lidí sledovala také blogový portál BLOGOS nebo zprávy, které psali a zveřejňovali nezávislí novináři. [MediaShift…, c2013a]

Z úplné nečinnosti během a po zemětřesení v březnu 2011 obvinit japonská národní média přesto nemůžeme. Ačkoliv byly utajovány některé důležité informace týkající se havárie ve Fukušimě, vysílání se ve všech významných médiích přizpůsobilo krizové situaci a byly celodenně vysílány zprávy, reportáže a meteorologické předpovědi. Do jisté míry se oficiální média snažila využít také internet a nová média, aby se informace dostaly k co nejvíce lidem. Například NHK a další stanice povolily serveru Nico Nico Dōga streamovat své vysílání a dělo se tak i prostřednictvím jiných obdobných platforem (např. streamování TBStv na Ustream v kombinaci s tweety vedle videa [MediaShift…, c2013b]). Často díky snaze samotných občanů. Platforma Nico Nico Dōga kromě streamu nabídla uživatelům možnost přidávání vlastních komentářů k jakékoliv pasáži videa a vytvářela tak mash-up oficiálních informací s uživatelsky generovaným obsahem, představujícím vlastní, často emocionálně zabarvený, názor. [Slater et al., c2013] 

Mimo jiné byl národními i lokálními broadcastery k šíření aktuálních informací hojně využíván Twitter, kde byl o informace velký zájem. Desetitisícový nárůst followerů oficiálních Twitter účtů velkých médií je toho důkazem (viz obrázek). [European…, c2013]

Nárůst followerů účtů národních a lokálních novin [European…, c2013]

"There is an emergency earthquake alert. Miyagi, Iwate, Fukushima, Akita, Yamagata. Very big quake. Please be careful!!!! Please be careful!!!!!!" - @NHK_PR, 2:47 tamního času [Slater et al., c2013] 

"Big earthquake. There are tsunami warnings on the East coast of Tohoku."  - @asahi_tokyo, 8 minut po prvních otřesech [European…, c2013]

Twitter zde obecně zafungoval jako vhodné médium pro šíření informací k obyvatelům a mezi nimi. Především díky tomu, že velká část populace vlastní chytrý telefon. Podle white paperu Ministerstva vnitra a komunikace z roku 2010 to bylo až 96,3% domácností v Japonsku. [Slater et al., c2013] V době výpadku proudu tak sociální sítě mohly efektivně suplovat televizní kanály, neboť telefonní sítě s menšími výpadky stále fungovaly. Podle studie “Earthquake: On the usage of social media among companies after the disaster, use differentiated between SNS and twitter” jedna třetina z dotázaných označila Twitter za potřebnou kompenzaci nedostatku spolehlivých informací poskytovaných masmédii a/nebo vládou. [Slater et al., c2013]

Příkladem práce se sociálními médii na lokální úrovni bylo využití Twitteru novinami v prefektuře Mijagi Kahoku Shimpo jako zástupného kanálu pro šíření informací po zemětřesení, které jim znemožnilo vydávat deník tištěně. [European…, c2013] Jiným vhodným příkladem využití Twitteru nejen pro šíření informací, ale také například pro koordinaci pomoci, představovaly oficiální hashtagy, které vytvořil Twitter Japan [Twitter…, 2011]. Díky nim bylo možné kategorizovat informace o zemětřesení na Twitteru. Například #hinan byl využívaný pro informace týkající se evakuace, #311care pro zdravotnické informace cílené na oběti zemětřesení a #J_j_helpme pro lidi, kteří potřebují urgentně zachránit nebo pomoct. [European…, c2013] Na toto postupně začala reagovat i vláda a orgány místní správy, které buď začaly více Twitter využívat, nebo zakládaly nově své vlastní účty. 

[Urgent] People survived tsunami but stranded in Yamoto municipal sports ground in Higashimatsushima-shi, Miyagi prefecture are waiting for rescue. They can't reach anyone. Please somebody help them. #jishin #j_j_helpme.” - @naniwanozyo, 11. března 2011 [Slater et al., c2013]

Nejenže zemětřesení 3.11 pomohlo ukázat světu reálnou mediální situaci v Japonsku a změnilo informační chování jejích obyvatel, kteří se v krizové situaci od televizí a rádií přesunuli především na internet. Neschopnost vlády a mainstreamových médií plně informovat o jaderné havárii ale také vedla později k masovým protestům, které se - jak jinak - organizovaly prostřednictvím sociálních sítí. Asi nejhlasitější demonstrace se uskutečnila 19. září 2011 v Tokiu, kde se sešlo přes 60 000 odpůrců nukleární energie. [Slater et al., c2013] Mimo jiné v online prostředí začaly vznikat nezávislé kanály informací právě pro odpůrce nukleární energie jako protipól k oficiálním informacím předávaných oficiálními médii. Příkladem je web Iwakami, který provozuje novinář na volné noze Yasumi Iwakami. Ten využívá 93 živých streamovacích kanálů k šíření zpráv o antinukleárních akcích po celé zemi. [Business…, c2013]


Použité zdroje: 
Business & Financial News, Breaking US & International News | Reuters.com. c2013 [online]. Thomson Reuters Inc, c2013, Mar 7, 2012 [cit. 2013-12-05]. Janowski, Tomasz. Insight: Japan missed tsunami wake-up call for change. Edition: U.S. Dostupný z WWW: <http://www.reuters.com/article/2012/03/07/us-japan-tsunami-change-idUSTRE82603W20120307>. 

Earthquake-Report.com. c2013 [online]. SOS Earthquakes, c2013, last update: March 10, 2012 at 11:28 pm [cit. 2013-12-05]. Deadly earthquakes. 2011. Varvaeck, A.; Daniell, J. Japan - 366 days after the Quake: 19000 lives lost, 1.2 million buildings demaged, $574 billion. Dostupný z WWW: <http://earthquake-report.com/2012/03/10/japan-366-days-after-the-quake-19000-lives-lost-1-2-million-buildings-damaged-574-billion/>. 

European Journalism Center. c2013. Emergency Journalism: toolkit for better and accurate reporting [online]. c2013, last update 8 December 2012 [cit. 2013-12-05]. News & Analysis. It Happended Again: Media and Twitter During Earthquakes in Japana. Dostupný z WWW: <http://emergencyjournalism.net/it-happened-again-media-and-twitter-during-earthquakes-in-japan/>. 

MediaShift: Your guide to the digital media revolution. c2013a [online]. Public Broadcasting Service (PBS), c2013, April 15, 2013 [cit. 2013-12-05]. Kobayashi, Ginko. In Japan, A Wave of Media Distrust Post-Tsunami. Dostupný z WWW: <http://www.pbs.org/mediashift/2013/04/in-japan-a-wave-of-media-distrust-post-tsunami105/>. 

MediaShift: Your guide to the digital media revolution. c2013b [online]. Public Broadcasting Service (PBS), c2013, March 15, 2011 [cit. 2013-12-07]. Benkoil, Dorian. How Social Media, Internet Changed Experience of Japan Disaster. Dostupný z WWW: <http://www.pbs.org/mediashift/2011/03/how-social-media-internet-changed-experience-of-japan-disaster-074/>. 

Slater, David H.; Keiko, Nishimura; Kindstrand, Love. c2013. Social Media, Information and Political Activism in Japan's 3.11 Crisis. The Asia-Pacific Journal: Japan Focus [online]. c2013 [cit. 2013-12-05]. Dostupný z WWW: <http://japanfocus.org/-Nishimura-Keiko/3762>. 

Twitter Japan [online]. 2011/03/12 [cit. 2013-12-05]. 東北地方太平洋沖地震に関して. Dostupný z WWW: <http://blog.jp.twitter.com/2011/03/blog-post_12.html>.

Zemětřesení a tsunami v Tóhoku 2011. 2013. In Wikipedie: Otevřená encyklopedie [online]. St. Petersburg (Florida) : Wikimedia Foundation, 2001- , naposl. edit. 30. 11. 2013 [cit. 2013-12-05]. Dostupný z WWW: <http://cs.wikipedia.org/wiki/Zem%C4%9Bt%C5%99esen%C3%AD_a_tsunami_v_T%C3%B3hoku_2011>.

čtvrtek 31. října 2013

8. Sci20Tools: Závěrem shrnutí přínosů a rizik využívání nástrojů Webu 2.0 ve vědě

zdroj: bit.ly/OSlogo
Dá se říct, že pokud by se nástroje Webu 2.0 začaly masověji ve vědě používat, tak půjde jistým způsobem o návrat do minulosti, pouze s jinými - novými - technologiemi. Tomu můžeme rozumět tak, že se vědecké poznání opět stane veřejně přístupným. Teprve koncem 18. století se začala věda uzavírat do kruhů s privilegovaným přístupem [Könneker, 2013] - k informacím, k bádání v izolovaném prostředí, laboratořích. A napomohl tomu i nárůst státní finanční podpory vědě, která začala vytlačovat sponzorování aristokraty [Könneker, 2013]. Nástroje Science 2.0 naplňují v mnohém charakteristiky Open Science, mezi něž patří otevřenost vůči veřejnosti, demokratizace přístupu k informacím i jejich tvorbě, podpora sdílení, spolupráce, znovuvyužití výsledků a alternativní cesty získávání nových informací, ale také kontaktů, kolegů, financí a veřejnosti na svou stranu. Mimoto je nový způsob šíření a zásahu čtenářů možné například využít pro alternativní způsoby hodnocení dosahu a vlivu pomocí Altmetrics.

S novými 2.0 nástroji však nepřichází pouze výhody, ale také určité nevýhody nebo rizika. Velkým problémem je například nedůvěryhodnost, kterou můžeme chápat dvojím způsobem. Nedůvěryhodnost služeb a nástrojů, kdy například není jasné, kdo je provozovatelem, jaký je jeho opravdový cíl, jaká je udržitelnost a kompatibilita s dalšími službami a nástroji a zároveň nedůvěryhodnost zdrojů/informací jako takových. Chybí zde klasické peer-review, kterému vědci přiznávají velkou váhu. Je zajímavé, že přestože vědci např. u literatury dávají na doporučení svých kolegů, u doporučení přes Web 2.0 jsou zdrženlivější. [Procter, 2010] Také je problémem roztříštěnost nástrojů. Jak je patrné z představení příkladů, neexistuje vždy pouze jeden nástroj pro jeden úkon, ale celá řada. Není přitom jasné, podle čeho si vybrat nástroj pro sebe a zda bude tato volba správná. Zda nástroj najde dostatek uživatelů či jiných motivů pro to, aby přečkal déle jak jednu zimu. Vědci však problém Science 2.0 vidí především v časové náročnosti. Už nyní jsou zaměstnáváni více byrokracií a jinými (zbytečnými) úkony a ve vědeckém blogování, sdílení dat či zapojování do sociálních sítí tak nevidí smysl a údajně pro to nedokáží najít čas. V otevřeném prostředí sociálních nástrojů, umožňujících snadné sdílení a šíření informace, je často také problém určit, kdo byl původním autorem, kdo je oprávněn informace využít ku svému prospěchu apod. Zároveň využívání Science 2.0 nástrojů často brání neznalost a nedostatečné dovednosti, případně neschopnost institucí podpořit vědce v používání těchto prostředků nebo dokonce institucionální zákaz. [Procter, 2010] Posledním příkladem určité nevýhody je strnulost, s jakou musí tento nový přístup ke způsobu práce ve vědě zápasit. Ač jsou vědci experimentátory, v tomto se drží zavedeného. Přínos nových nástrojů nejsou (zatím - doufám) příliš ochotni objevovat.

Jak je vidět, výčet rizik a nevýhod je stále poměrně dlouhý, přesto nemůžeme benefity, které Web 2.0 vědecké komunikaci přináší, nechat bez povšimnutí. Vzhledem k aktuálním diskuzím ve vědeckých kruzích a postupnému příklonu k Open Science, lze do budoucna předpokládat, že pomalými kroky věda nakonec plně dospěje k otevřenosti, sdílení, širší spolupráci, transparentnosti a veřejné přístupnosti. Je však potřeba říci, že k naplnění těchto charakteristik není nutné pouze ovládnout technicky nabízené nástroje, ale také změnit či upravit způsob myšlení a postupy zavedené ve vědecké praxi.

Co dál číst a sledovat?
Connected Researchers: http://connectedresearchers.com/
Science in the Open: http://cameronneylon.net/ (spíše OS)
Science 2.0 (asociace) http://www.leibniz-science20.de/


Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20ToolsPrezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

Použitá literatura:
Könneker, Carsten; Lugger, Beatrice. 2013. Public Science 2.0: Back to the Future. Science [online]. 4 October 2013, vol. 342, no. 6154 [cit. 2013-10-19]. s 49-50. Dostupný z WWW (DOI): <http://dx.doi.org/10.1126/science.1245848>. 

Procter, R. et al. 2010. Adoption and use of Web 2.0 in scholarly communications. Philosophical Transactions of the Royal Society A [online]. 13 September 2010, vol. 368, no. 1926 [cit. 2013-10-19]. s. 4039-4056. Dostupný z WWW (DOI): <http://dx.doi.org/10.1098/rsta.2010.0155>. ISSN 1471-2962.

středa 30. října 2013

7. Sci20Tools: Hodnocení - citace, impakt, prestiž

zdroj: http://impactstory.org/CarlBoettiger
Posledním krokem ve vědeckém cyklu je hodnotící fáze, kdy je zjišťováno, jak byl výsledek přijat, zda je citován, kým a kolikrát. V tomto Science 2.0 nabízí alternativu tradičnímu modelu hodnocení vědy v podobě Altmetrics nebo otevřených postpublikačních peer-review platforem. Příkladem konkrétního nástroje pro sledování sociálního vlivu je ImpactStory, služba určená k vytváření vědeckých profilů s informacemi o dosahu a ohlasu u publikační činnosti. Ukazuje nejen citovatnost, ale také stahovanost (download nebo uložení např. záložky), jak moc se o daném výsledku diskutuje a jak moc je doporučován. Navíc toto vše neukazuje pouze u článků, ale také u dat, prezentací, softwaru a stránek, které si se svým účtem spojíte. Kompletní seznam metrik a zapojených služeb si můžete prohlédnout ve FAQ ImpactStory.

PaperCritic umožňuje autorům monitorovat zpětnou vazbu k jejich publikacím a ostatním uživatelům přidávat hodnocení a recenze. Služba je propojená s Mendeley, ale opět ji trochu podezřívám, že nefunguje správně a hlavně je z nedávné aktivity patrné, že není tak nedávná, jako spíše dávná. K publikacím vydaným v PLoS ONE nabízí vydavatel PLoS Impact Explorer, který získává data z Altmetric.com, komerčního altmetrics nástroje. Barevný sociální koláč nejen graficky zobrazuje rozložení zásahu sociálních sítí, ale po najetí na něj uvidíte také kolikrát byl článek konkrétně tweetován, kolikrát se objevil na Facebooku, Google+ a dalších sociálních sítích. Obdobně se s altkoláčem můžete setkat také v BioMed Central nebo například u Springeru a Scopusu. 

Služba Altmetric všem uživatelům nabízí bookmarklet, díky němuž můžete při čtení článku zobrazit alternativní statistiky ke konkrétní publikaci na jedno kliknutí. Jenom pozor, funguje pouze v PubMed Central, arXiv a u stránek obsahujících DOI. Mezi Web 2.0 nástroje určené ke sledování zpětné vazby bychom dále mohli řadit i Google Scholar, který kromě vyhledávání nabízí vytváření a spravování uživatelských profilů a sledování citací.



S postpublikačními peer-review platformami se - viditelně - roztrhl pytel a na výběr jich je opravdu hodně. Nástroje jsou realizací konceptu otevřeného peer-review, kdy recenzenti nejsou anonymní. V předchozích částech byl již zmíněn PaperCritic a SelectedPapers.net. Dalším příkladem postpublikačního peer-review nástroje je třeba Publons. Zde mohou uživatelé recenzovat, diskutovat nad články, hodnotit recenze, a pokud recenze vyvolá dostatečně kladný ohlas, může získat identifikátor DOI. Články lze vyhledávat dle názvu, autora, tématu a nebo je importovat pomocí identifikátorů spolupracujících databází a časopisů , BibTexu nebo manuálně vyplněním formuláře. Dále lze obsah databáze procházet podle publons, akademiků, recenzí, témat, institucí a časopisů. Aby autoři nezneužívali systém pro vytváření kladného ohlasu a recenzí pro své práce, jsou všechny přidané recenze nejdříve poslány ke schválení editorům. V případě sporných názorů editoři kontaktují recenzenta. Pokud se do 14 dnů neozve, je recenze smazána.


Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.
Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

úterý 29. října 2013

6. Sci20Tools: Prezentace - publikace, patenty, konference

Významnou součástí vědecké komunikace je po dosažení výsledků jejich publikování, případně patentování a prezentování. Místo posílání nekonečně číslovaných souborů emailem (s pokaždé jiným a rozhozeným formátováním) nabízí Science 2.0 ve čtvrté fázi vědcům nástroje např. pro kolaborativní psaní. Dále mohou využívat repozitáře a sociální sítě pro šíření hotových paperů, dat a jiných přidružených publikací (enhanced publications) a také nástroje pro otevřené peer-review pro dosažení (neformálního) hodnocení. K prezentování existuje řada online nástrojů pro tvorbu interaktivních prezentací.

zdroj: bit.ly/Authoreaex
V případě kolaborativního (versovaného) psaní je možné využít - vedle obecně známých Google Docs - například nástroj Authorea. Autorům umožňuje v online editoru kolaborativně psát (podporuje LaTeX, Markdown, HTML5, umožňuje uzamknout pasáž k úpravám, na které zrovna pracujete), citovat s využitím integrovaného vyhledávání článků (pomocí DOI, klíčových slov), komentovat, sledovat změny v článku a případně se vracet k jiným verzím, nebo exportovat článek přímo do stylu některého ze spolupracujících časopisů/institucí (PLoS One, APJ, Science, Nature, PNAS, CERN,...).

Když už je článek vytvořený a odeslaný vydavateli k recenznímu řízení, může autor - pokud mu to smlouva s vydavatel povoluje - uložit článek například do některého z otevřených repozitářů a tak začít s jeho šířením. Konkrétně v částicové fyzice průzkum ukázal, že více jak 90% článků [SCOAP3, 2007] je v preprintové verzi uloženo ještě před oficiálním vydáním v arXivu a sbírá tak již citace, ohlas a zpětnou vazbu [Brooks, 2009]. Autoarchivace a obecně sdílení vědeckých výstupů prostřednictvím nástrojů Webu 2.0 tak mění model šíření informací z filter-than-publish na publish-than-filter [Burgelman, 2010]. O tom, co si uživatel přečte si rozhoduje on sám, nikoliv vydavatel. K šíření je však možné využít také zmíněné vědecké sociální sítě, ať už všeobecné (Twitter s hashtagy jako #iamscience, #myresearch), vědecké multioborové (ResearchGate, Mendeley, Academia.edu atd.) nebo oborové. Například zmíněná síť Mendeley nabízí uživatelům ke každému článku základní statistiky o jejich čtenářích - kolik jich bylo celkem, z jakých oborů, odkud jsou, jaký je jejich akademický statut. Na základě těchto údajů o čtenářích Mendeley v nadstavbové službě ReaderMeter ukazoval prestiž/impakt/dosah autora. Služba ale zdá se již nefunguje. Z oborových sociálních sítí, kde je možné rozšiřovat informace o svém výzkumu, lze zmínit například MalariaWorld, síť zaměřenou na odborníky na malárii.


zdroj: bit.ly/figsharepriklad
Ve vědě ovšem není důležitý pouze výsledný článek, ale také surová data, prezentace, tabulky a další přidružené informace, data a dokumenty. Pro sdílení těchto materiálů (včetně paperů) slouží například figshare, multioborový datový repozitář. Soubory lze nahrávat buď jako soukromé, zde je k dispozici omezené úložiště (1GB), nebo jako veřejný. Záznam lze tagovat, přidat popis, kategorie a odkazy na související obsah. Uživatelům figshare nabízí export do Ref, Mendeley a Endnote. Veřejně nahrané vzorce, články, média, postery a filesety jsou automaticky publikovány pod licencí CC BY, data jsou publikována pod licencí CC0 (vysvětlení). Veřejně nahrané výzkumné dokumenty zároveň získají DataCite DOI (např. http://dx.doi.org/10.6084/m9.figshare.827263).


Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.
Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

Použitá literatura:
Burgelman, Jean-Claude; Osimo, David; Bogdanowicz, Marc. 2010. Science 2.0: change will happen. First Monday [online]. 5 July 2010, vol. 15, no. 7 [cit. 2013-10-20]. Dostupný z WWW: <http://firstmonday.org/ojs/index.php/fm/article/view/2961/2573>. ISSN 1396-0466.

Brooks, Travis; Gentil-Beccot, Anne; Mele, Salvatore. 2009. Citing and Reading Behaviours in High-Energy Physics: How a Community Stopped Worrying about Journals and Learned to Love Repositories [online]. Geneva: CERN, 2009 [cit. 2013-10-20]. Dostupný z WWW: < http://arXiv:0906.5418>.

SCOAP3 Working Party. 2007. Towards Open Access Publishing in High Energy Physics [online]. Geneva: CERN, 19. April 2007 [cit. 2013-10-20]. Dostupný z WWW: <http://scoap3.org/files/Scoap3WPReport.pdf>. 

pondělí 28. října 2013

5. Sci20Tools: Proces - experiment, sběr dat, analýza

Web 2.0 pomocníků vhodných pro třetí fázi vědeckého cyklu existuje nespočet. Jsou to například nástroje pro sdílení workflow, metod, laboratorních protokolů, poznámek, blogovací platformy, Q&A služby, platformy citizen science projektů, kolaborativní verzovací nástroje, datové repozitáře atd. Více příkladů je opět k nalazení v seznamu na bit.ly/Scie20Tools, já zde představím jen několik příkladů pro procesní fázi vědecké komunikace.

Prvním příkladem je myExperiment, webová služba/sociální síť, která po zaregistrování umožňuje uživatelům sdílet výzkumné metody, postupy a experimentální plány. Kromě popisných metadat a přiložení souboru může autor vystavit dané workflow pod vybranou licencí (CC 3.0 Unported, MIT licence, BSD licence, Apache Licence v2.0, GPL 2.0, LGPL 2.1, 0CC 1.0) a umožnit ostatním uživatelům hotovou metodu využít pro obdobné výzkumy dle licenčních podmínek (re-use). Metody nebo spíše laboratorní poznámky a dílčí výsledky mohou být sdíleny prostředictvím tzv. Open Notebook Science (ONS) platforem jako je OpenWetWare, wiki umožňující biologům a bioinženýrům blogovat, sdílet protokoly a laboratorní poznámky, vytvářet skupiny a kurzy. Za ONS lze ale považovat v podstatě jakýkoliv vědecký - laboratorní - blog. Zde mohou sloužit běžné blogovací servery, vlastní webové stránky, nebo mohou vědci využít zavedené servery jako je Science 2.0 nebo Hypotheses pro humanitní obory. Vědecké blogy plní nejen popularizační funkci, ale nabízí prostor pro širší diskuzi, často jsou více neformální, umožňují publikovat pouze dílčí jednotlivé myšlenky, případně nevyřešené problémy a otázky.


zdroj: http://crowdcrafting.org/app/airquality/
Hlavní vědecký tým je již sestavený z předchozí přípravné fáze, nicméně do procesní je možno zapojit další účastníky - tzv. občanské (ne)vědce. Zapojováním vědců amatérů do výzkumu se říká citizen science a existuje řada portálů umožňující prezentaci projektů vyzývající vědecké amatéry k zapojení. Ukázkou takového nástroje je (jeden z mnoha a možná méně známý) crowdcrafting, open-source nástroj pro propojení vědců a dobrovolníků po celém světě za účelem splnění drobných úkolů. Pro vytvoření nového projektu je potřeba se zaregistrovat, což lze také propojením s Twitterem, Facebookem nebo G+ účtem. Projekty jsou řazeny do několika základních kategorií. U projektu je vidět název, jméno autora, kolik procent je již splněno, kdy byla zaznamenána poslední aktivita apod. Po rozkliknutí je možné přidat/vidět detailní informace k projektu, úkolu a co zapojením dobrovolník získá (např. odznak - badge). Vědci mají pro každý projekt k dispozici statistiky.


Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.
Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

neděle 27. října 2013

4. Sci20Tools: Příprava - nápad, tým, peníze

V přípravné fázi má vědec již konkrétní nápad na výzkum, formuluje plán projektu, shání kolegy do týmu a finance. I zde existují nástroje, které práci mohou usnadnit či doplnit tradiční cesty a postupy.

zdroj: https://app.quadrant.edu.au/quadrant/project/view/222
Co se týče koordinování a řízení projektů, mohou zde pomoci tzv. project management systems, nástroje pro řízení projektů. Vedle desktopových aplikací existuje řada online služeb, které umožňují spolupracovat na projektu více lidem v týmu, zadávat úkoly, hlídat termíny apod. Jedním z takových nástrojů je např. Quadrant, který je přímo orientovaný na organizaci vědeckých projektů. Vědcům nabízí online úložiště souborů a dat, řízení týmové spolupráce, přidělování úkolů a zodpovědnosti, nastavování přístupu k informacím, vytváření workflow s jednotlivými úkoly, vyhodnocování vývoje, audit a reportování výzkumu, komentování a poznámky, upozornění a emaily apod. Nástroj je do 30. července 2014 k užívání zdarma, stačí se zaregistrovat.

Aby bylo s kým spolupracovat na projektu, je potřeba vytvořit vědecký tým. V případě, že vědec potřebuje sehnat nové kolegy, kteří by se zapojili, je možné pro rozšíření kontaktů a vyhledávání nových spojenců využít vedle již zmíněných vědeckých sociálních sítí například také ORCID, službu přidělující autorský identifikátor. Hlavním cílem této služby je přidělování unikátních identifikátorů autorům a na základě těch potom na profilu autora propojovat informace o jeho výstupech z dalších služeb (např. American Physical Society, datový repozitář figshare, ImpactStory, ResearcherID nově implementuje propojení Springer a Wiley-Blackwell, fungovat by propojení mělo již u Elsevieru.). Databáze tak může být využita například k ověření, zda se konkrétní člověk zabývá podobnými tématy, zda se do vašeho týmu hodí. Pro vědce ORCID nabízí vhodnou formu prezentace jeho dosavadní práce, zároveň získává jednoznačný identifikátor, kterým se může logovat do dalších služeb, které postupně přibývají. Na portálu je možné vědce hledat podle jména, ORCID ID, instituce nebo také podle klíčových slov.

zdroj: bit.ly/Microryzapriklad
Na výzkum jsou samozřejmě potřeba také peníze. Tradičním zdrojem jsou různé granty, dotace, fondy či institucionální rozpočty. Jistý obnos ovšem vědci mohou získat také prostřednictvím nových crowdfundingových platforem. Když mohou umělci získávat finanční podporu od veřejnosti, proč by ti samí dárci alespoň částečně nemohli pomoct s náklady například na terénní výzkum? Americkou vědeckou obdobou Kickstarteru nebo  českého Hithitu je např. microryza. Služba umožňuje vědcům představit projekt, cíl a smysl nějaké konkrétní části a dát veřejnosti možnost se na ní finančně spolupodílet. Na oplátku za to mohou po dosažení cílové částky, stihne-li to projekt včas, nahlédnout pod pokličku projektu. To je poněkud rozdíl od klasických crowdfundingových služeb, ty totiž dárcům nabízí hmotné odměny. Zde je odměnou dobrý pocit z pomoci a možnost vidět například dílčí výsledky výzkumu apod.


Bohužel zrovna u crowdfundinových služeb mi přijde životnosti projektů nejistá. Od doby tvoření tohoto příspěvku (srpen-říjen 2013) ze 7 platforem funguje již jen 5 a i zde je dle mého názoru cvrkot nízký. Jak ale upozorňuje Martin Rychlík [2013], důležité je si uvědomit, že pokud se povede konkrétnímu vědeckému projektu od veřejnosti - obyčejných smrtelníků/nevědců - vybrat cílovou částku, je to velký úspěch, dokazující, že věda může zaujmout i mimo akademické kruhy.


Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.
Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.

Použitá literatura:
Rychlík, M. 2013. Crowdfunding už i ve vědě! Nač dáte peníze vy?. Česká pozice: Informace pro svobodné lidi [online]. Léko Media Group, 2010 - 2013, 13.6.2013 [cit. 2013-10-19]. Dostupný z WWW: <http://www.ceskapozice.cz/domov/veda-vzdelavani/crowdfunding-uz-i-ve-vede-nac-date-penize-vy>.

sobota 26. října 2013

3. Sci20Tools: Studium - nové informace novým způsobem

Odbornou literaturu lze získávat tradiční cestou - pomocí katalogů a databází knihoven - a akademici se tuto cestu více či méně naučili používat. Alternativou nebo možná spíše doplňkem k těmto zdrojům informací jsou například služby poskytující uživatelské informace hodnotící nějakým způsobem konkrétní vědecké práce, systémy doporučování apod. 

Příkladem nástroje shromažďujícího uživatelské informace k článkům je ScienceGist, kam mohou uživatelé k vědeckým paperům přidávat vlastní anotace a shrnutí. Autoři cíl vidí v přiblížení obsahu vědy veřejnosti, nicméně shrnutí od kolegů z oboru k různým článkům může pomoci i vědcům. Především v rozhodování, zda článek stojí za čtení, zda v něm najdou něco nového. Články můžete hledat buď podle názvu, DOI nebo podle tagů, které tvůrci jednotlivým Gistům přidávají. Ty se dají také v části “Categories” procházet podle abecedy. ScienceGist vznikl teprve letos v červenci, proto zde zas takové množství článků nenajdete, nicméně je to ukázka toho, jak vytvořit službu postavenou na uživatelsky generovaném obsahu, přinášející prospěch jak vědcům (zhodnocení obsahu článku), tak veřejnosti, neboť shrnutí by měla být psána (jak tvrdí autoři) jednoduchou angličtinou a přístupně.
zdroj: selectedpapers.net - ukázka diskuze
Další ukázkou obdobného nástroje je SelectedPapers.net, který umožňuje doporučovat, komentovat či diskutovat nad papery a přidávat je na svůj reading list, sdílet a tagovat (kategorizovat). Prohledávat databázi můžete kromě názvu a identifikátorů článku také podle lidí, témat a komentářů. Nástroj je propojený s Google+, takže si nemusíte vytvářet nový uživatelský účet, jen využijete svůj stávající G+. Díky tomuto propojení můžete obsah buď přidávat přímo na SelectedPapers nebo sdílením příspěvku na G+ s hashtagem #spnetwork a identifikátorem článku ve spolupracující databázi/repozitáři (arXiv, PubMed Central) nebo DOI. Konvence zápisu hashtagů a identifikátorů naleznete v nápovědě na SelectedPapers.net. Do budoucna se plánuje službu propojit i s jinými soc. sítěmi jako je např.  Twitter.


Alternativním zdrojem literatury mohou být také vědecké sociální sítě. Ty mohou být pro získávání literatury využity tak, že buď sledujete kolegy a vědce stejného zaměření, respektive sledujete co sdílí, co četli a co doporučují, nebo sociální síť využijete jako katalog/vyhledávací nástroj. Sítě totiž kromě vytváření profilů, skupin a diskuzních témat umožňují vědcům nahrát na profil také jejich publikační činnost a články buď zveřejnit i s fulltextem, nebo zobrazují alespoň metadata. Největšími a nejrozšířenějšími vědeckými sociálními sítěmi jsou Mendeley a ResearchGate a obě vyhledávání publikací nabízí, i když s trochu jinými přidanými hodnotami.
zdroj: researchgate.net - ukázka request button
ResearchGate umožňuje databázi prohledávat až po přihlášení, ale kromě metadat u nezpřístupněných článků nabízí také request button, tlačítko, kterým autorům článku odešlete žádost o zpřístupnění plného textu. Já jsem si efektivitu tlačítka vyzkoušela tak, že jsem náhodně vybrala nejdříve 8 o týden později 10 českých vědců, kteří neměli u svých článků fulltext a poslala jim žádost o fulltext. Nakonec se mi vrátily od první skupiny 3 plné texty (do 2. dne) a u druhé skupiny 3 do 2. dne a 1 po skoro měsíci. Žádost se autorům posílá nejen jako interní zpráva na ResearchGate, ale také jako email, ten může ale spadnout do spamu, nebo jej vědci jednoduše ignorují. ResearchGate totiž často posílá emaily se shrnutím aktivit, diskuzí a různé vábničky pro vrácení neaktivních uživatelů do hry. Ještě k nějakým číslům - podle ResearchGate je zde přítomno 14 500 uživatelů z ČR, přesné číslo aktivních mi poskytnuto nebylo, ale v odpovědi od producenta jsem se dozvěděla, že obecně je 30% uživatelů alespoň jednou měsíčně aktivních. 
Mendeley umožňuje prohledávat databázi i nepřihlášeným uživatelům, nyní (říjen 2013) nabízí 476 650 810 dokumentů od více jak 2,6 milionu zaregistrovaných uživatelů. Při vyhledávání Mendeley nabízí zúžení výsledků na OA články, tedy ty, u kterých se dostanete k plnému textu. Tlačítko ale podle mne poslední dobou zlobí - dříve vracelo více výsledků, nyní pracuje podivně. Navíc ale nabízí referenčního manažera, kde si autor může soustředit a třídit nejen svou publikační činnost, ale také ostatní literaturu.



Předešlou část a další pokračování najdete na tomto blogu pod štítkem Sci20Tools. Každý den od představení příspěvku na 3. ročníku semináře Open Access aneb Open your mind! se zde objeví nová část.
Prezentaci najdete na bit.ly/Sci20prez a postupně doplňovaný seznam různých Science 2.0 nástrojů na bit.ly/Sci20Tools.